season2

論文の本文は厳密に分かれてはいませんが、内容的にはIMRADに準じています。すなわち、Introduction に続いて、検討する項目ごとに(大抵はパラグラフごとに)Methods, Results, (Discussion)が述べてあります。key words やresults を用いたSubheadings(小見出し)がついている場合もあります。最後に、全体のDiscussionとConclusion。今回は良く使われている表現ではなく、ちょっと使ってみたい表現を集めてみました。

1. 研究の動機を述べたいとき

1) これまで成功していない
Decades of effort have witnessed the failure of many chemotherapeutic regimens.
2) 他者の研究に触発された
 Inspired by -----/ encouraged by -----/ 
3) これまでの成果を述べたい
Previous efforts to ----- had yielded -----
4) --- に着目した
We focused on the ---

 

2. 次々に説明したいとき

1) Decision making, memory, and learning require activation and modification of particular synapses. Synaptic transmission in turn requires neurotransmitter accumulation into synaptic vesicles followed by neurotransmitter release during synaptic vesicle fusion with the plasma membrane.                                                          (Science 2009 [Jun.12]:324;1441)
2) We first examined ---. We then investigated ---. We next analyzed ---. Lastly, we performed ---.

 

2.  対比したいとき、whereas, while, than, compared with はよくご存じなので割愛します。

1) unlike
 Unlike other structurally characterized neutralizing antibodies, CR6261 binds at the
membrane proximal end of each HA, ---                 (Science 2009 [Apr. 10]:324; 246)
 2)  in contrast to
 Perhaps more unusually, HCDR3 contributes relatively little, in contrast to its usual
dominant role in antigen recognition.                       (Science 2009 [Apr. 10]:324; 246)

 

4.  予期したとおりに実験が進んだとき

1)  as expected/ as anticipated
2) The observation that --- was consistent with the model/prediction.

 

5.  優れている点を強調したいとき

1)  The disulfide cross-linked VP7 trimer, which binds neutralizing antibodies such as mAb 159, is a good first candidate for a more effective, stable, structurally engineered subunit immunogen.                                                                           (Science 2009 [Jun.12]:324; 1444)


2) Although ---, our results nonetheless may open new avenues for improving the delivery and efficacy of therapeutics in patients with pancreatic cancer.  
                                                                                                   (Science 2009 [Jun.12]:324; 1457)
 

3) Although ---, these results highlight a previously unknown link between the AAR pathway  and TH17-mediated immune-pathology.                         (Science 2009 [Jun.12]:324; 1334)
 

4) Our findings complement research in animal and clinical studies suggesting that VTA
BDNF is implicated in the pathogenesis of drug addiction. 
                                                                                                   (Science 2009 [Jun.26]:324; 1732)
 

5) This encourages hopes that OIH (opioid-induced hyperalgesia) may be targeted specifically without interfering with powerful opioid analgesia.   (Science 2009 [Jul.10]:325; 207)

 

本シリーズは今回で終了させていただきます。いい表現だなと思ったら、コピーしておき、忘れぬうちに使ってみましょう。Reviewゲートを通れば、言う事無し!
あなたの英語は、新しい変異を取り込んで進化したのです。それでは皆様、長い間有難うございました。
 

日本語の論文では、「以上の結果から、…と考えられる」「…と示唆される」で文を終える傾向があります。それにぴったりなのは、These findings suggest that --- でしょう。
 

3) These findings suggest that ---
Histone acetylation in single-cell eukaryotes relies on acetyl coenzyme A (acetyl-CoA) synthetase enzymes that use acetate to produce acetyl-CoA. Metazoans, however, use glucose as their main carbon source ---. We have shown that histone acetylation in mammalian cells is dependent on adenosine triphosphate (ATP)-citrate lyase (ACL), the enzyme that converts glucose-derived citrate into acetyl-CoA. We found that ACL is required for increases in histone acetylation in response to growth factor stimulation and during differentiation, and that glucose availability can affect histone acetylation in an ACL-dependent manner. Together, these findings suggest that ACL activity is required to link growth factor?induced increases in nutrient metabolism to the regulation of histone acetylation and gene expression. (Sci09-0522; 324: 1076)

Research questionは、哺乳類のヒストンアセチル化にはacetyl-CoA合成酵素ではなく、糖を炭素源としてacetyl-CoAを生成する酵素が関わっているのではないか、さらにそれはどのように関わっているのか、と推測されます。まず糖由来のクエン酸をアセチル-CoAに変換する酵素ACLが特定されました。ついでACLは、細胞増殖因子の刺激を受けた場合や、細胞分化過程でヒストンアセチル化がふえる際に必要であり、さらに炭素源である糖が利用されると、ACLに依存してヒストンアセチル化が左右されることが見つかりました。これらの結果から、増殖因子により栄養素 (糖) の代謝が亢進すると、ACLがヒストンアセチル化を高めるように働いて、遺伝子発現を制御すると考えられる、としています。

4
)This survey provides --- ; our results provide ---
「誰もしてないから、調べてみたところ、結果はこうだった。これは、かくかくしかじかの役に立つ」なんて思考は良くやりますね。何と、この流れのままAbstractにしてもいいみたいです! Research questionは、結論を疑問型にしたものと考えればいいだけのこと。

Human skin is a large, heterogeneous organ that protects the body from pathogens while sustaining microorganisms that influence human health and disease. Our analysis of 16S ribosomal RNA gene sequences obtained from 20 distinct skin sites of healthy humans revealed that physiologically comparable sites harbor similar bacterial communities. ---. This topographical and temporal survey provides a baseline for studies that examine the role of bacterial communities in disease states and the microbial interdependencies required to maintain healthy skin.. (Sci09-0529; 324: 1190)


英語の表現が身近になってきましたね。構えることなく、どんどん気楽に書いて、Scienceにも投稿してください。来月は、本文中でちょっと使ってみたい表現を取り上げたいと思います。それではまた。
 

Abstractの最後は、研究の主な結論を読者にわかりやすく述べねばなりません。提起された疑問、研究課題(Research question)はどのように答えられているでしょうか。
 

1) We conclude that ---
The frontal eye field (FEF) is one of several cortical regions thought to modulate sensory inputs. Moreover, several hypotheses suggest that the FEF can only modulate early visual areas in the presence of a visual stimulus. To test for bottom-up gating of frontal signals, we microstimulated subregions in the FEF of two monkeys and measured the effects throughout the brain with functional magnetic resonance imaging. ---- We conclude that bottom-up activation is needed to enable top-down modulation of early visual cortex and that stimulus saliency determines the strength of this modulation. (Sci08-0718;321: 414)
 

Research questionは、前頭眼野(FEF)のシグナルに対してbottom-up gatingがあるのか、です。実験を行った結果、特定の目的のために、すなわち、早期視覚野(early visual cortex/early visual area)のtop-down modulationを可能にするために、bottom-up activationが必要であり、刺激の顕著性がこのmodulationの強さを決める結論を下しています
 

2) may を用いる
The  γ-secretase complex plays a role in Alzheimer’s disease and cancer progression. The development of clinically useful inhibitors, however, is complicated by the role of the γ-secretase complex in regulated intramembrane proteolysis of Notch and other essential proteins. Different     γ-secretase complexes containing different Presenilin or Aph1 protein subunits are present in various tissues. Here we show that ---. --- The Aph1B complex contributes to total γ-secretase activity in the human brain, and thus specific targeting of Aph1B-containing γ-secretase complexes may help generate less toxic therapies for Alzheimer’s disease. (Sci09-0501;324: 639)
 

アルツハイマー病などに関与しているγ-secretase complexesに対して、臨床的に有用な(つまり副作用の少ない)阻害剤の開発が困難である、と現状が述べられています。Research questionは隠れていますが、「有望なのはどのγ-secretase complexか」でしょう。γ-secretase complexesとは、presenilin やAph 1などと複合体を形成したγ-secretaseのことです。それらの性質を調べ、Aph-1Bとの複合体を不活化すると、マウスモデルの病態が改善し副作用もみられないという結果がでました。Aph1Bを含むγ-secretase complexがヒト脳内のtotal γ-secretase activityに寄与していることがわかったのです。したがって、このAph1Bを含むγ-secretase complex複合体を標的にすれば、毒性の低い治療薬が生まれるであろう、という結論になりました。単純な”may” を用いて、結論を述べています。それでは、また来月。
 

Science Unstructured Abstractでは、研究手法(methods/techniqueに関する論文の場合(第5回参照)は、BACKGROUND説明の後に、OBJECTIVES/METHODSの説明+RESULTSを記載する、と規定されています。例を見てみましょう。

1)(The identification of untranslated regions, introns, and coding regions within an organism remains challenging.) We developed a quantitative sequencing-based method called RNA-Seq for mapping transcribed regions, in which complementary DNA fragments are subjected to high-throughput sequencing and mapped to the genome. We applied RNA-Seq to generate a high-resolution transcriptome map of the yeast genome and demonstrated that most (74.5%) of the nonrepetitive sequence of the yeast genome is transcribed.             (Sci08-0606; 320: 1344)

 
この研究では、「quantitative sequencingに基づいて転写領域をマッピングするRNA-Seq法を開発した」のです。「本法は、相補的DNA断片をハイスループットシークエンスにかけ、ゲノム上での位置を決定する手法である。」とmethods/technique について述べてあります。
この文の後に、「このRNA-Seqを用いて、酵母ゲノムの高解像度のトランスクリプトーム (転写産物)マップを作成大半(74.5%)の非繰り返し配列が転写されることを示した。」と結果の一部が述べてあります。
 
動物モデルであれ、数学モデルであれ、モデル作成もMethods の一部でしょう。次の例文も、ほぼ同様な要約の流れです。
 
2) (To investigate the unregulated Ras activation associated with cancer,) we developed and validated a mathematical model of Ras signaling. The model-based predictions and associated experiments help explain why only one of two classes of activating Ras point mutations with in vitro transformation potential is commonly found in cancers. Model-based analysis of these mutants uncovered a systems-level process that contributes to total Ras activation in cells. This predicted behavior was supported by experimental observations.                  (Sci 07-1019; 318: 463)
 
「がんに伴う異常な(unregulated)Ras活性化を解明するために、Ras signalingの数学モデルを開発・検証した」のです。そして、このモデルを用いてRas活性化変異体を解析すると、細胞内の全Ras活性化に寄与するsystem-level process の存在が明らかになった。ようです。
 
 
 自然に考えればいいのですね。それでは、また来月。いよいよ結論・推論の部分です。

今月は、Science Unstructured Abstractのbrief BACKGROUND information に続くRESULTSをチェックしましょう。
2. Results
1)
We report here 13 mutations in the fused in sarcoma/translated in liposarcoma (FUS/TLS) gene on chromosome 16 that were specific for familial ALS. (Sci09-0227; 323: 1205)
 

第16番染色体上のFUS/TLS遺伝子に13種の変異を見つけたので報告する、というのです。前回の例文からおわかりのように、We report here that --- というフレーズは、近年、Here we show that--- (「英医論作」Chapter 1, Lesson 6)に劣らず、非常に良く使われています。上記の例文は「that名詞節」ではなく名詞句ですが、この形も多いようです。
 

2) In a screen for endogenous tumor-associated T cell responses in a primary mouse model of prostatic adenocarcinoma, we identified a naturally arising CD8+ T cell response that is reactive to a peptide derived from histone H4. (Sci08-0111; 319, 215)
 

前立腺がんのマウスモデルを用いて、T細胞応答のスクリーニングを行ったところ、特定の応答を見つけた、と言う実験結果です。we が主語なので、難なく応用できますね。A screen identified --- と言う構文も実際にありますよ。例文3)がそうです。
 

3) A high-throughput functional genomics screen identified G protein?coupled receptor 3 (GPR3), a constitutively active orphan G protein-coupled receptor, as a modulator of amyloid-β production. Overexpression of GPR3 stimulated amyloid-β production, whereas genetic ablation of GPR3 prevented accumulation of the amyloid-β peptide in vitro and in an Alzheimer's disease mouse model. (Sci09-0213; 323: 946)
 

ここではさらに、overexpression させた場合は---した、genetic ablationさせた場合は---した、
whereasを用いて対比させています。対比は、in contrast/conversely/but/while/unlikeなどを使っても表現できます。Abstractでは字数制限の面からも、on the other hand は控えましょう。
 

4) (DMT acts as a hallucinogen, but its receptor target has been unclear.) DMT bound to sigma-1 receptors and inhibited voltage-gated sodium ion (Na+) channels in both native cardiac myocytes and heterologous cells that express sigma-1 receptors. (Sci09-0213; 323:934)
 

ここでは実験の方法には言及せず、結合した阻害したと結果のみが単純に記載されています。これでいいのですね。それではまた来月。

 

 

 

今月は、Brief background informationの続き、副題は「情報の省略」です。
 

3) Chaperone-mediated autophagy controls the degradation of selective cytosolic proteins and may protect neurons against degeneration. In a neuronal cell line, we found that ---.
                                            (Sci 09-0102; 323:124)
「シャペロンを介したオートファジーは、細胞質における特定の蛋白質の分解を調節し(ており)、神経細胞の変性を防いでいると考えられる。」言い換えれば「--- 防いでいるのではないか。」という問いがあって、(この問題はまだ答えられていないそれをはっきりさせるために実験をして) 、「that ---」を発見したのです。類推できることは省いてあります。 may が使ってあり、いわゆる ’hypothesis’ と考えられますね。(「英医論作」Chapter 1, Lesson 4)。別の形のhypothesisは、次の例でしょう。

4) Because bacteriophages generally parasitize only closely related bacteria, it is assumed that phage-mediated genetic exchange occurs primarily within species. Here we report that ---.
                                            (Sci 09-0102; 323:139)

1) ~ 4)の文型は、Structured AbstractBackground(Objective/Aim)にも使えますよ。
 

5) Histone deacetylase 4 (HDAC4) shuttles between the nucleus and cytoplasm and serves as a nuclear co-repressor that regulates bone and muscle development. We report that HDAC4 regulates the survival of retinal neurons in the mouse in normal and pathological conditions.
                                            (Sci 09-0102; 323:124)

「ヒストン脱アセチル化酵素4(histone deacetylase 4: HDAC4)は、細胞核と細胞質の間を行き来し、骨と筋肉の発達を制御する核コリプレッサー(補助抑制因子)として働く。われわれは今回、正常および病的状態のマウスにおいて、HDAC4が網膜神経細胞の生存を調節することを報告する。」HDAC4の新しい機能を見つけたのです。このthat 以下の内容が、結果・結論=問いの答と考えればいいのですから、問いは、“whether HDAC4 regulates the survival of retinal neurons in ---”です。これを決定する(determine)ために研究したわけです。問いを隠す・省く(Note 2)書き方ですね。いや、これが一番多いようです。
 

Structured Abstract Background (Objective/Aim) には、問の答、すなわち問いの是非を決めるために、判定するために、という‘to determine whether ---’を使えば良いことがわかります。ゆめゆめ、「調べるため」とは言わないようにしましょう。調べるのは、目的ではなく方法です。犯人(原因・理由)を明らかにするために、調べます。

 

あけましておめでとうございます。

年初を契機に、Science誌Research Article/ ReportのUnstructured Abstract構成に取り組んでみましょう。まず、Brief background informationから始めなさいと規定してありました。さあ、ここからです。といっても、「ここから書き始める」と言うことではありません。「仕上げの形としてイメージする」というイメージトレーニングの第一歩ということです。

1) Why do seemingly identical cells respond differently to a drug? To address this, we studied ---. (Sci 08-1205; 322: 1511)

 

何と、すぐ使えそうな簡潔なフレーズではありませんか! 研究課題(問題)が、何故かともろに提起され、それを明らかにするため、どういう研究をしたかが「--- 以下」に述べてあります。このように問いかけを明確にすると、結論も明確に書けるでしょう。

 

2) Cryptochromes (CRY) are photolyase-like blue-light receptors that mediate light responses in plants and animals. How plant cryptochromes act in response to blue light is not well understood. We report here ---. (Sci 08-1205; 322: 1535)

 

第一文は、定義文と称される定型的な説明表現です。何はxxxxxであるbe 動詞だけでなく関係代名詞のthatも使ってあり、少し複雑になっていますが、科学論文の基礎になる文型なので、よくご存じでしょう。このthat関係代名詞は省略してreceptors mediating light responsesとすることもできます。

 

第二文に, plant cryptochromes>がどのように作用するのか、と言う問いかけ、すなわち研究課題がのべてあり、それはまだよくわかっていない。そこで(それを解明するために)われわれは--- 以下の研究をしたので報告する、と続いています。カッコに入れたのは、読者が類推できることだからです。読者が類推し易いことは、字数制限のあるAbstractから省くことができるのですよ(Note 1)。また、この課題の文章中でplant cryptochromesって何?と一般読者は引っかかりますね。その説明のために第一文が加わったわけです。

 

1)では、一般読者が引っかかる言葉はないので、説明文は不要でした。それなら、<1)To address thisは、省略できないのでしょうか?

Why do seemingly identical cells respond differently to a drug?We studied --- .

何故か。(それはまだよくわかっていないので、それを明らかにするために)われわれは--- を研究した2段階の類推をして、ぎりぎり理解できます。そのような例文が実際にあるでしょうか。あるのですよ。それでは、次回をお楽しみに。

Science2008年投稿規定はどうなっているでしょうか。要点は以下の通りです。


Research Articles (up to ~4500 words, Including references, notes and captions, or ~5 journal pages) are expected to present a major advance. Research Articles include an abstract, an introduction, up to six figures or tables, sections with brief subheadings, and a maximum of 40 references. Materials and Methods should usually be included in supporting online material, which should also include information needed to support the paper's conclusions.

Reports (up to ~2500 words or ~3 journal pages) present important new research results of broad significance. Reports should include an abstract, an introductory paragraph, up to four figures or tables, and a maximum of 30 references. Materials and Methods should usually be included in supporting online material, which should also include information needed to support the paper's conclusions.

Reviews (4 journal pages, on average) describe new developments of interdisciplinary significance and highlight unresolved questions and future directions. All Reviews undergo peer review. They include an abstract, an introduction that outlines the main point, and brief subheadings. A maximum of 40 references is suggested. Most Reviews are solicited by the editors, but unsolicited submissions may also be considered


研究論文では、参考文献(40本以内)と図表(6枚以内)の説明、注記も含めて4500 words以内。Abstract, Introductionに続いて、sections with brief subheadings (小見出しを付けたセクション、Results & Discussionに相当)とあります。Materials and Methods Webに記載され、印刷はされません。レポートは、やや格下の位置づけのようですね。

総説は、やはり依頼されるのが普通であり、Abstractも必要です。注目すべきはAbstractの書き方。Backgroundとして、まず一般読者が理解できるような分野へ誘い、その後詳しい研究の理由付けをし、結果と主な結論を述べる。字数は125 words以内と増えています。



Abstractsexplain to the general reader why the research was done and why the results are important. They should start with some brief BACKGROUND information: a sentence giving a broad introduction to the field comprehensible to the general reader, and then a sentence of more detailed background specific to your study. This should be followed by the RESULTS, or if the paper is more methods/technique oriented an explanation of OBJECTIVES/METHODS and then the RESULTS. The final sentence should outline the main CONCLUSIONS of the study, in terms that will be comprehensible to all our readers. The abstract should be 125 words or less.

4回目

 

学会誌の規定を見てみましょう。と言っても、見たいジャーナルが容易に見られるわけではありません。部外者はオフリミットの学会が多いのです。幸いアクセスできた米国臨床腫瘍学会(American Society of Clinical OncologyASCO)誌の The Journal of Clinical oncologyでは次のように書かれています。

 

Instructions for Original Reports:

- Write descriptive but succinct titles.

- Limit abstract length to 250 words.

- Limit body text to 3,000 words (excluding the abstract, references, figures, and tables).

 

Instructions for Review Articles:

- Limit body text to 4,500 words (excluding the abstract, references, figures, and tables).

- Devote at least half of the text to describing studies detailing human impact, marker effect on prognosis, or clinical trials.

 

総説は、Editor-in-Chiefが依頼するのが原則で、原著論文より語数が多く与えられており、下記に記載されているように、Abstractも必要です。ジャーナルによって規定が違いますね。でもAbstractは、原著・総説共に"IMRAD" 方式で、250 wordsです! 

 

Abstract Instructions

Format the abstract according to the following headings:
(1) PURPOSE, (2) PATIENTS AND METHODS (or MATERIALS AND METHODS, METHODS, or similar heading), (3) RESULTS, and (4) CONCLUSION. Authors may use DESIGN instead of PATIENTS AND METHODS in abstracts of Review Articles.

 

Text Instructions

Write the body of the manuscript as concisely as possible.

Adhere to the manuscript category word limits described herein.

Number and double space all pages.

Use Helvetica or Arial fonts at 12-point size.

Adhere to the style guidelines set forth by the ICMJE.

 

語数を守って簡潔に書く。全ページにナンバーを打ちダブルスペース(一行置きにタイプする)に設定する。フォントはHelveticaArial12ポイントでタイプする。

わー厳しいですね。各ジャーナルの投稿規定をしっかり読まなくちゃあ! ではまた来月。

 

3回目

Abstract Summaryはどう違うのでしょう。N Engl J Medでは、

ABSTRACT
Provide an abstract of not more than 250 words. It should consist of four paragraphs, labeled Background, Methods, Results, and Conclusions. They should briefly describe, respectively, the problem being addressed in the study, how the study was performed, the salient results, and what the authors conclude from the results.

 

Abstract250 words 以内4 パラグラフ(背景, 方法, 結果, 結論)で構成しなさい、とあります。これも"IMRAD"方式です(「英医論作」Chapter 2, Lesson 7)。しかも、Backgroundでは、研究で取り組む問題について、Methodsでは研究の方法について、Resultsでは顕著な結果を、Conclusionsでは、この結果から引き出した結論を簡潔に記すよう求めています。

 

Summaryについては規定がありません。The American Heritage Dictionary of the English Languageには、次のように説明してあります。

A presentation of the substance of a body of material in a condensed form or by reducing it to its main points; an abstract.

 

4パラグラフに分ける必要はなく、かいつまんで手短に言う、いわゆる要約でいいのですね。

 

原著論文症例報告の構成は大体理解できたと思います。それでは、残る総説を見てみましょう。

 

REVIEW ARTICLES

Review articles are usually solicited by the editors, but we will consider unsolicited material. Please contact the editorial office before writing a review article for the Journal. ----- They should be written for the general physician, not specialists. Consequently, they may include material that might be considered too introductory for specialists in the field being covered.

普通は、編集部から依頼されて書く物のようです。勿論、そうでない場合もあり、その時は予め連絡すること。内容的には、専門医というより、一般の医師、つまりより広い読者に向けて書かれるもので、入門書的な性質があるようです。さらに次の表記があります。

These articles do not include an abstract. 

えっ、総説にはAbstractは不要!?  Summary も不要のようです。これは例外的なのでしょうか? 来月は別のジャーナル、学会誌を探索してみましょう。