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 第3回目:名詞句をほどいて、予測する

第3回:名詞句をほどいて、予測する

もうすぐ「立冬」です。学習ははかどっていますか。前回の問いに答えることから始めましょう。
Endoplasmic reticulum (ER) stress induces hepcidin expression and causes hypoferremia and spleen iron sequestration.
は、Discussionの中で以下のような名詞句に変換されています。
Under conditions of (severe) ER stress, hepcidin activation and iron withdrawn from the bloodstream may facilitate a general defense mechanism and an innate immune response.
そしてというか、他でもなく、Titleそのものに述べられています。
ER Stress Controls Iron Metabolism Through Induction of Hepcidin
<and>にはthrough のニュアンスもあるのですね。但し前後関係をしっかりつかみましょう。

今回は、Science 2009 [Aug 14]; 325: 834 に着目します。遺伝子発現の制御に関わるタンパク質翻訳後修飾、中でも近年盛んに研究されているリジンのアセチル化、についての文献です。アセチル化とは、リジン側鎖のアミノ基(-NH2)のHがアセチル基(-COCH3)に置換され、つまり中和されて、アミド基(-NHCO CH3)になることです。当然、リジンを含むタンパク質の機能が変化すると考えられます。
Lysine Acetylation Targets Protein Complexes and Co-Regulates Major Cellular Functions (http://www.sciencemag.org/cgi/content/full/325/5942/834)

例によって、単語レベルから始めましょう。
1.    単語レベルで同じ意味のものを見つけます
- lysine acetylation acetylation on histones=modification of histone by histone acetyltransferase (HAT) posttranslational modification modification of histone by histone deacetylase (HDAC) = histone deacetylation  (ちょっとややこしいですが…ご容赦のほどを)
- acetylated lysine = modified lysine
- acetylome = acetylated proteins lysine-acetylated proteins/peptides
- diverse cellular processes chromatin remodeling, cell cycle, splicing, nuclear transport, actin nucleation
( は、左側の概念が右側の概念に含まれ、 は右が左に含まれることを表します)

2.    名詞句をほどいてみましょう
Abstract の中の Background 情報の一文をとりあげます。
Technological limitations have so far prevented a global analysis of lysine acetylation's cellular roles. (基本文型3の【S+V+O】です。[英医論作p.4])
SOを妨げた   Stechnological limitationsによって、Oa global analysis of lysine acetylation's cellular rolesが妨げられた、と和訳したい箇所です。単純に言い換えれば、
- By technological limitations, a global analysis of lysine acetylation's cellular roles was prevented.

この名詞句が気がかりです。どう言い換えられているのか。特に "cellular roles of lysine acetylation" とはどういうことでしょうか。involvements of lysine acetylation in cellular processes、あるいは effects or changes in lysine-acetylated protein か。とりあえず、ほどいてみましょう。ここには analysis という「動詞」が含まれています。analysis が prevent されたということは、analysis が不可能であった、 analyze されなかったことですね。つまり、
Because of technological limitations, cellular roles of lysine acetylation have not so far been analyzed globally.

3.    結果を予測する
ここで、思考を一歩進めます。これが今までの状態なら、今回の研究では、何らかの技術の進歩によって global analysis が可能になるのだろうと推測するのです。そのような言葉を予想して読んでいくと、Introduction にありました!
We reasoned that high-resolution high-accuracy MS, when coupled to an efficient quantitation strategy, should enable a global view of the "lysine acetylome" and its changes upon KDAC inhibition.

"global analysis" が global view、そして "cellular roles of lysine acetylation"が lysine acetylome and its changes ではありませんか。さらに、実験の結果、次のようになったと、Discussion に述べてあります。
The application of quantitative proteomics enabled us to assess the effects of perturbing the acetylation network in a global and unbiased manner.

"analyze globally" は assess in a global(and unbiased)manner、"cellular role of lysine acetylation" に関わる事象は the effects of perturbing the acetylation network です。ぼんやりしていた影に明るい光があたった感じがしませんか。

それでは、
We used high-resolution mass spectrometry to identify 3600 lysine acetylation sites on 1750 proteins and quantified acetylation changes in response to the deacetylase inhibitors suberoylanilide hydroxamic acid and MS-275. の下線部はどのように言い換えてあるでしょうか。
また来月お会いしましょう。